Bevor die Entschädigungszahlungen an die Einleger gewährt werden, müssen im Entschädigungsfall zunächst die Namen der Einleger festgestellt und die Höhe der Guthaben ermittelt werden. Sobald die Kundendaten ausgewertet sind, werden alle Einleger angeschrieben, um eine SEPA-fähige Bankverbindung in einem Formular für die Entschädigungszahlung mitzuteilen. 

Nachdem dieses vom Kunden unterschriebene und mit einer Kopie eines Legitimationsdokumentes versehene Formular bei der Einlagensicherung eingegangen und erfasst ist, erfolgt innerhalb weniger Tage die Überweisung der Entschädigungszahlung auf das angegebene Konto. Zudem erhalten die Einleger, sobald das Entschädigungsverfahren weitgehend abgeschlossen ist, eine Aufstellung der entschädigten Kapital- und Zinsbeträge.

Kommt die Bundesanstalt für Finanzdienstleistungsaufsicht (BaFin) zu dem Ergebnis, dass für die Bank keine Chance besteht, die Geschäfte fortzuführen, oder dauert das Moratorium bereits sechs Wochen an, stellt sie den sogenannten Entschädigungsfall fest. Erst dann kann der Einlagensicherungsfonds seine Tätigkeit aufnehmen und damit beginnen, die Anleger zu entschädigen. Dazu wird er jeden Kunden anschreiben und ihn entschädigen.

Gesetzliche Entschädigungsansprüche sind grundsätzlich innerhalb von sieben Arbeitstagen nach der Feststellung des Entschädigungsfalls zu erfüllen. Diese Frist wird freiwillig auch durch den ESF erfüllt. Die konkrete Dauer hängt unter anderem von der Zahl der Kunden und der internen Organisation der Bank ab.